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商品コード:
MSP

MSP解析

関連カテゴリ:
受託解析サービス > DNAメチル化解析
MSP

MSP(メチレーション特異的PCR)

●ご用意いただくのは遺伝子情報とサンプルのみ
●解析CpG領域検索, プライマー設計, バイサルファイト処理, PCR条件検討, バリデーションを行います
●サンプルごとに解析領域の各CpGサイトのメチル化結果を報告



必要サンプル量
ゲノムDNA: >1ug
細胞: >1 x 105
組織: >10mg
FFPE: >10um x 5

解析データ
DNA QCデータ
CpGサイト情報
プライマー配列情報
電気泳動ゲルイメージ

実験・解析ワークフロー

ゲノムDNA ⇒ バイサルファイト処理 ⇒ プライマー設計 ⇒ PCR ⇒ アガロースゲル電気泳動

1. DNA QC
分光光度計とアガロースゲル電気泳動により、DNAの品質検査を行います
OD260/OD230 > 2.0 , OD260/OD280
>1.8

 

2. バイサルファイト処理
パイロシークエンス法によりDNA配列のメチル化状態を解析するためには、まずDNAをsodium bisulfite で処理します。これにより非メチル化シトシン残基はウラシルに変換され、メチル化シトシンはそのままです。 この結果、判別可能な2つの異なる配列が得られます。
バイサルファイト変換とPCR 後の配列 

DNA 変換前の配列 バイサルファイト変換後 PCR増幅後
非メチル化DNA  A-C-G-T-C-G-T-C-A A-U-G-T-U-G-T-U-A A-T-G-T-T-G-T-T-A
メチル化DNA  A-C-G-T-C-G-T-C-A  A-C-G-T-C-G-T-U-A   A-C-G-T-C-G-T-T-A


3. プライマー設計、PCRコンディションセットアップ
ターゲット遺伝子の解析領域を検索して、PCRプライマー(methyl, Unmethylの2種類)を設計します
※お客様より解析領域をご指定頂いた場合、指定領域に対してPCRプライマーを設計致します

PCRコンディションセットアップ
PCRプライマーを合成して、PCRコンディションのセットアップを行います
 


4. PCR & アガロースゲル電気泳動
PCRアニーリング温度を決定して、PCRを行います
アガロースゲル電気泳動を行います

価格・納期

納期:サンプル受領後、約4週間